Пещеры Джейта находятся в юрских нижне-средних слоях Кесерауна, чья толщина составляет 1000 м. Состав пещер в основном определятся породами доломита и известняка.

Во времена поздней юры-раннего мела при тектоническом поднятии, кесеруанское образование подверглось воздействию воздуха. В эпоху мелового периода кесеруанские слои были "погребены". Период неогена обозначился формированием карстовых пещер, в связи с окончательным подъемом горы Ливан.
Подземная река выходит на поверхность по причине того что в долине Нахр аль-Кальб из-за непроницаемых верхних юрских вулканических пород и нижнемеловых залежей песка формируется гидрогеологический барьер. Этот барьер также был причиной формирования западных пещер, чья высота превышает 60 м. Карстовые лабиринты формировались и под воздействием больших осадков, а также благодаря крутому рельефу.
Пещеры Джейта формировались на протяжении миллионов лет, и теперь это уникальное место для зеленого туризма в Ливане. Известняк изначально водонепроницаем, но в нем имеются расщелины, при попадании в них воды они расширяются и одновременно с этим вымываются породы внутри слоев.